中国有12.92亿人口，其中7.68亿分布在农村，占全国人口总数的59.47%。中国是一个城市和农村不同管理体制的二元制管理模式的社会。经过二十多年的改革开放，中国的市场经济体制已基本成型，国内生产总值与人均收入稳步上升。2004年我国国内生产总值为117251.9亿元，位居世界第七；人均收入为9101元，已连续两年突破1000美元大关。然而城乡之间、不同区域之间的经济发展差距较大，农村居民收入水平较低，且增收缓慢。至上世纪九十年代中叶城市收入已达到农村收入的3.5倍。在城市广泛推广城镇职工医疗保险的同时，到2002年底近90%的农村居民却没有任何医疗保险覆盖。低下的支付能力导致了“因病致贫、因病返贫”现象频繁发生，严重影响了农村居民的健康水平和劳动力素质的提高，也制约了农村经济和社会的发展。由于自然、地理、人文等因素，此现象在中西部农村地区尤为严重。我国农村极需要建立一个结构合理、运转高效的医疗保障体制来满足广大农村居民的卫生保健需要。

    合作医疗，一个由我国农民自己创造的互助共济的医疗保障制度，曾经在保障农民获得基本卫生服务、缓解“因病致贫、因病返贫”现象方面发挥过重要的作用。该制度于上世纪五十年代在山东招远、山西高平、河南正阳、湖北麻城等地区自发建立起来，六十年代末至八十年代初在全国范围内掀起高潮。1968年12月毛泽东主席批示推广湖北长阳乐园办好合作医疗的经验，合作医疗制度很快在全国推开，至1976年全国有90％的农业生产大队兴办了合作医疗。该保障制度适应了当时经济的发展，取得了显著的成效。1950年至1975年期间，中国的婴儿死亡率从195‰ 降到41‰，人均期望寿命从40岁提高到65岁。然而自八十年代初开始，经济体制改革在全国范围内全面推行，农村家庭联产承包责任制的发展，使合作医疗赖以生存的农村集体经济逐渐瓦解，其功能受到极其严重的损害。80年代以后，其覆盖率出现大面积滑坡，在1992年一度锐减到5%左右，上世纪末仅有约10%的农民享受合作医疗。其解体直接导致近年来农民健康水平提高缓慢、甚至下降。一些农村地区重大传染性疾病、地方病死灰复燃。由于增收缓慢、医疗费用却在不断提升，基本医疗服务可及性越来越差，农民“因病致贫、因病返贫”情况日益突出，城乡差距进一步扩大。2000年，城镇人口期望寿命为75.21岁，农村为69.55岁，相差5.66岁。2002年农村孕产妇死亡率和婴儿死亡率分别是城市的2.6倍和2.7倍。

    随着我国经济与社会的不断发展，越来越多的人开始认识到，“三农”问题是关系党和国家全局性的根本问题。而不解决好农民的医疗保障问题，就无法实现全面建设小康社会的目际，也谈不上现代化社会的完全建立。大量的理论研究和实践经验也已表明，在农村建立新型合作医疗制度势在必行。

    面对传统合作医疗中遇到的问题，卫生部组织专家与卫生研究机构进行了一系列的专题研究，为建立新型农村合作医疗打下了坚实的理论基础。经过三年的多部委调研与协调，中共中央和国务院在2002年10月19日下发的《中共中央、国务院关于进一步加强农村卫生工作的决定》中明确指出：“各级政府要积极组织引导农民建立以大病统筹为主的新型农村合作医疗制度”、“ 到2010年，新型农村合作医疗制度要基本覆盖农村居民”、“ 从2003年起， 中央财政对中西部地区除市区以外的参加新型合作医疗的农民每年按人均10元安排合作医疗补助资金，地方财政对参加新型合作医疗的农民补助每年不低于人均10元”以及“农民为参加合作医疗、抵御疾病风险而履行缴费义务不能视为增加农民负担”。

    农民自愿参加、以县为单位分担风险、主要补大病，和由政府（卫生部门）实行管理，是该制度的四大基本特征。该制度与医疗救助制度相辅相成，后者解决最贫困人群的基本卫生保健问题。这是历史上我国政府第一次为解决农民的基本卫生问题而进行大规模的投入。

    从2003年开始，新型农村合作医疗的试点地区不断增加。到2004年底，全国31个省、自治区、直辖市共有333个县（市）开展了新型农村合作医疗试点工作，约覆盖10691.09万农业人口，实际参加新型农村合作医疗的农民8040.01万，参合率为75.20%；其中，中西部22个省（市、区）启动了233个试点县（市），约覆盖6225.76万农业人口，实际参加人数4678.98万，参合率为75.16%。截至2005年3月，全国试点县（市）数已达620个。各试点地区都初步建立了一套专门的新型合作医疗组织管理机构。随着新型农村合作医疗试点规模的不断扩大，设立一个中央级的组织管理与科研机构显得尤为重要。全国新型农村合作医疗的管理及相关领域的科研都需要该机构来完成。2004年8月19日，中共卫生部党组会议提出了设立农村合作医疗事务管理机构的贯彻落实意见。2004年11月12日，卫生部卫生经济研究所接到卫生部农卫司下达的关于组建?