1、在卫生部的统一领导和组织下，承担对全国新型农村合作医疗的事务性工作，监督和指导地方新型农村合作医疗经办机构资金与财务管理工作，协助卫生部组织实施对新型农村合作医疗的检查评估工作。
2、承担对地方新型农村合作医疗工作业务指导，拟订合作医疗经办机构人员培训规划，并组织实施。
3、负责新型农村合作医疗信息的收集、整理、分析与管理工作，参与全国新型农村合作医疗信息系统规划建设工作；
4、承办合作医疗的咨询、投诉和稽查工作；
5、组织开展调查和理论研究，总结各地推行新型农村合作医疗的经验，为我国农村健康保障事业的发展提供理论与实践的依据。
6、在卫生部的统一管理下，开展农村医疗保障相关领域的国内和国际的交流与合作，组织对全国合作医疗经办机构的涉外技术合作、人才交流和专业培训。
7、完成卫生部下达的其他工作。